第三方存证机构作为与交易各方无利害关系的第三人，为签约主体提供标准化的电子合同存证服务，存证过程一般分为如下三个阶段：

电子合同创建和生成阶段

签约主体向第三方存证机构发起请求，第三方存证机构将电子合同的HASH值通过加密传输通道发送到机构服务器中，签约主体经过CA认证后获得签署授权;签署文件的HASH值、企业公章/个人签名、签署人的数字证书组合、加密后形成数字签名;而后数字签名被嵌入到电子合同文本中，生成签署过的电子合同。

电子合同加密和存储阶段

第三方存证机构对电子合同进行多重算法加密，将电子合同的签署时间、签署主体、文本、哈希值以及签署过程日志等数字信息通过软硬件技术手段确保无法被破解，并存储到机构数据库中。

电子合同传输阶段

第三方存证机构将签署过的电子合同发送给签署主体，采用加密手段、完整性鉴别手段，证明数据在传输阶段的完整性、私密性和安全性。如第三方存证机构与公证处建立了合作，则会为公证处建立专用的公证取证VPN通道，公证机关可以直接进入第三方存证机构数据库后台调取数据，并依法出具公证书。

电子合同的证据效力

电子签名法第十四条规定：“可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。”因此，使用可靠的电子签名，电子合同便具有与纸质合同同等的书证效力。

举证责任主体需要提供相关证据证明生成、储存、传递数据电文方法的可靠性，保持内容完整性方法的可靠性，用以鉴别发件人的方法的可靠性等电子合同真实性要素。电子合同第三方存证机构则要承担确保用户登录验证的安全性、平台加密算法的安全性、数据传递的安全性以及数据存管的安全性等责任，并在必要时协助提供相关证明文件。

第三方存证的证据效力

在电子签名运用的基础上，电子合同第三方存证可以进一步增强电子合同的可置信性，增强证据效力。尤其是在第三方存证机构与公证机关联合存证的流程中，公证机关作为法定的证据保全机构，电子合同被司法机关作为证据予以认可的可能性大大增加。

电子合同第三方存证是在电子签名基础上发展起来的一种服务，其本质依然是依靠电子签名技术而进行的电子合同证据保存。相对于简单的电子签名应用，第三方存证机构是在电子签名确保签约主体可信及合同内容不可篡改的基础上，增加了第三方证明内容，使得合同举证更为简便易行。相信随着互联网金融的发展，以及其他大额线上交易的推广，电子合同第三方存证的应用也会越来越广泛。